Федеральное государственное бюджетное учреждение «Оренбургский референтный центр Россельхознадзора» создано на базе ФГУ «Государственная семенная инспекция по Оренбургской области» в 2006 году.
За последние 17 лет учреждение развивалось и претерпело значительные изменения. За это время лаборатория была аккредитована в национальной системе аккредитации «Росаккредитация». На сегодняшний день область аккредитации по всем видам деятельности Учреждения включает в себя свыше 2 500 методов исследований. Так же пройдены процедуры аккредитации в международных системах аккредитации: Ассоциации аналитических центров «Аналитика» по качеству и безопасности пищевой продукции и кормов, международная аккредитация лабораторий по тестированию семян «ISTA».
Учреждение получило лицензию на осуществление деятельности, связанную с использованием возбудителей инфекционных заболеваний III-IV групп патогенности.
Учреждение так же аккредитовано в качестве Органа инспекции ФГБУ «Оренбургский референтный центр Россельхознадзора» в Национальной системе аккредитации, уполномочено для проведения работ в Системе добровольной сертификации семян «СемСтандарт».
В 2016 году была выполнена федерально-адресная инвестиционная программа по поручению президента РФ Путина В.В. - построено здание ФГБУ “Оренбургский референтный центр Россельхознадзора» под размещение лаборатории соответствующего уровня для проведения лабораторных исследований на показатели качества и безопасности, работы с ГМО.
ФГБУ «Оренбургский референтный центр Россельхознадзора» вошло в федеральный проект «Системные меры развития международной кооперации и экспорта», а именно в части «Экспорт АПК» как опорная лаборатория.
Одной из основных тенденций развития лаборатории Учреждения было повышение автоматизации и использование современной лабораторной техники. Внедрение автоматизированных систем позволило улучшить точность и эффективность проведения экспериментов, сократить время и ресурсы.
На сегодняшний день Учреждение проходит процедуру реорганизации в форме присоединения. В новом статусе филиала в ФГБУ «Центр оценки качества зерна» г. Москва учреждение будет продолжать развиваться и совершенствовать методы и возможности лабораторных исследований, которые позволят более точно и быстро проводить исследования в области ветеринарии, карантина и защиты растений, семеноводства, агрохимии и плодородия почв, качества и безопасности продукции растительного и животного происхождения для обеспечения во взаимодействии с Россельхознадзором эпизоотического и фитосанитарного благополучия Оренбургской области.
